Случайно обнаружилось, что в ini конфиге uwsgi важен порядок объявления параметров, поэтому если сначала объявить virtualenv, а потом указать подключение плагина python3, то будет попытка завестись с системным питоном.
« PostgreSQL backup to Azure ESP8266 и датчик движения с фольгой »